Adószámos magánszemély adózása

Tisztelt Szakértő! Ügyfelem egy adószámmal rendelkező magánszemély, főállású munkaviszony mellett, tervezőmérnök. Az elvégzett munkáról számlát állított ki egy kft. részére. A kft.-nek milyen esetben kell levonni az adót és járulékot? Miért nem elegendő az évvégi bevallásban elszámolni a bevételről és a kiadásokról és akkor megfizetni az adót? Jelen esetben egy 60 ezer forintos számláról van szó, aminek van költségvonzata is. A kft.-vel szerződést kötött, ami alapján a számla kiállításra került az elvégzett munka után. Ügyfelem úgy gondolta, hogy a 60 ezer forintot kézhez kapja, majd ő adózik utána, de a kft. ezt az összeget akarja nettósítani. Jogosan teszi ezt?