Önkormányzati áfa

Egy kft. kártalanítási számlát szeretne benyújtani az önkormányzatnak, melynek alapja az üzem áthelyezésével kapcsolatosan felmerült költségek továbbszámlázása. Az önkormányzat az összeget elfogadta, kivéve a kft. által felszámítandó áfát, mondván, a kft. korábban már levonta a beszerzés áfáját. A kft. ragaszkodik az áfa felszámításához. Helyesen jár el?