Ingatlan áfája

Tisztelt Szakértő! Adott egy cég, mely az ügyvezetőtől bérel telehelyet (feldolgozó üzem), már sok éve. Az ingatlanon végzett átalakítások, melyek a törvényi előírások és biztonság miatt kerültek kialakításra, bérelt ingatlanon végzett beruházásként vannak nyilvántartva. Sajnos a cég élete úgy alakult, hogy jelenleg nem működtetik már az üzemet és lehetősége lenne a tulajdonosnak az értékesítésre. Az ingatlanon végzett beruházás "mai értékét" az ügyvezető megfizetné a cégnek értékesítés előtt. Annyi a probléma, hogy a ráköltött pénz mintegy 6 millió forint, de ezek egy része már el is avult, az új szabályok, előírások miatt teljes felújításra lesz szüksége az új tulajdonosnak. Okozhat e problémát az áfa szempontjából, ha a tulajdonos csak 1,5 millió forintot fizet meg a cégének? Gondot okoz-e, ha nem a nyilvántartott érték után fizeti meg az áfát a cég? Köszönöm JT