Idegen ingatlanon végzett beruházás

Röviden összefoglalom a problémakört. Van egy egyházi szervezet, amely alapított egy nonprofit kft.-t (nem közhasznú), ő a 100 százalékos tulajdonosa. Az egyházi szervezetnek van egy ingatlana – nem lakóingatlan – a belvárosban, a telek többszáz milliót ér könyv szerint is, a felépítmény rossz állapotban van, kb. 1600-1700 négyzetméter összterületű, az értéke jelentős. Született egy üzemeltetési szerződés 2014-ben arra, hogy a kft. üzemelteti ezt az ingatlant, ennek keretében felújítja az épületet, erre az egyházi szervezet ad forrást. A kft. már bejelentkezett az ingatlan-bérbeadás tekintetében az áfa alá, így vissza tudja igényelni az áfát. Ha elkészül, akkor a kft. bérbe fogja adni. A probléma számomra: A Kft. idegen ingatlanon végez beruházást, ezt nyilván aktiválhatja. Azt gondolom, hogy az nem okoz gondot, ha nem kerül a felépítmény a kft. tulajdonába. Mivel terv szerint még akár évtizedekig üzemeltetni fogja, ezért meg fog térülni a beruházás. Ugye ezt jól gondolom, itt nincs más, amire figyelni kell? De mi a helyzet az egyházi szervezet nyilvántartásával? Az épületérték nyilván változni fog, mert átépítik és felújítják az épületet. Viszont a szervezet könyveiben ebből semmi sem fog megjelenni. Piaci értéken nem akarjuk nyilvántartani, azaz értékelési tartalékot nem akarunk képezni. Van-e valamilyen teendőnk az egyházi szervezetnél? Nagyon köszönöm a tanácsát!