Áfaalap megállapítása

Tisztelt Szakértő! Egyéni vállalkozó ügyfelünk 2014. évben alanyi mentességet választott, de év közben átlépte az alanyi mentesség bevételi határát. A partnerekkel kötött szerződésben nem tértek ki a bruttó vagy nettó díjazásra (ügyfelenként 3000 forint került meghatározásra). Az alanyi adómentes értékhatár átlépése utáni számlán ezt nettó vagy bruttó értékként kell feltüntetni? Ha valamelyik partner nem fogadja el a helyesbített számlát, és nem téríti meg az áfát a vállalkozónak, mi a teendő ? Köszönöm